En 2001, Jesús Samper, vicepresidente hasta entonces, se convirtió en el nuevo presidente. Al inicio de temporada se produce el cambio de presidencia por la dimisión de José Ángel Serantes hacia Jesús Samper, mayor accionista de la entidad grana. José Ángel Serantes se convierte en presidente, y Jesús Samper en vicepresidente económico. En 1962 asumió la presidencia del club Ángel Fernández, alcalde de Murcia de 1953 a 1958, e impulsó la denominada Operación Socios, que consiguió que se iniciase la temporada 1962-63 con 15.000 socios. Tras un contencioso ante el TAS entre las empresas de Raúl Moro y Mauricio García, el Tribunal de Arbitraje Deportivo acuerda que la venta al mexicano es válida y pide su inscripción, algo ratificado posteriormente por el Consejo Superior de Deportes y la Real Federación Española de Fútbol que llega a proponer sanciones al club y a los consejeros por no acatar el Laudo del TAS y llamar Mariachi a Mauricio. En la Copa del Rey 2010-2011 se enfrenta en dieciseisavos de final al Real Madrid empatando a 0 en el partido de ida a pesar de que jugaban Casillas, Pepe, Sergio Ramos, Cristiano Ronaldo y Benzema gracias a una defensa muy cerrada y a la grada, que apoyó durante todo el partido a su equipo.
El 29-05-2011 el Real Murcia vuelve a ser equipo de Segunda División a pesar de ser derrotado 1-0 frente al Club Deportivo Lugo ya que en la ida ganó 2-0. Asimismo se proclamó campeón de la Segunda División B al vencer al C. E. Sabadell en eliminatoria a doble partido (1-0 en la ida, 1-0 en la vuelta y 9-8 en la tanda de penaltis). El mexicano Mauricio García, ejecuta la opción de compra, la cual no puede hacerse efectiva al señalar Raúl Moro que el contrato se encontraba resuelto y que había vendido dichas acciones al empresario de Orihuela Víctor Gálvez que hace frente al pago de una nómina. Ello le obligó a jugar la promoción por el ascenso contra el Real Zaragoza, que venció el conjunto maño. Esta temporada dejó el primer partido televisado en directo al Real Murcia, el que disputó en el Estadio Metropolitano ante el Atlético de Madrid y que perdió 2 a 1. La campaña siguiente supuso un nuevo descenso a Segunda División, al finalizar decimoterceros y perder la promoción.
La campaña 2009/10 fue su estreno y presentación para la afición céltica y Segunda División Española. La situación se agravó la campaña siguiente, al sumar su segundo descenso consecutivo, que condujo de nuevo al equipo a Tercera División, de la que logró salir el año siguiente. El jugador brasileño Lucas Moura sería una pieza clave, pues convierte un gol tras 10 minutos del segundo tiempo y 4 minutos después, casi inmediatamente, convierte uno más, dejando a los spurs a un gol de la clasificación a la final (debido a la regla del gol visitante, más allá de un empate 3-3 en el global, ajax equipacion el Tottenham podía clasificarse si convertía sus 3 goles como visitante). El perjuicio al Real Murcia fue aún mayor, al quedarse prácticamente sin jugadores a pocos días del inicio de la temporada 2014-15 y tener que hacer un equipo de nuevo, a lo que se unió la dificultad de tener que disputar la nueva temporada en el Grupo I frente a conjuntos del noroeste peninsular. Tras un bagaje de 18 partidos, el equipo solo sumó 20 puntos y cerró la temporada con una victoria frente a la Unión Deportiva Las Palmas, lo que le permitió terminar en 19.ª posición que, al descender por motivos administrativos el Club Deportivo Guadalajara por distintas irregularidades en el proceso de ampliación de capital de dicha entidad, le permitió mantenerse en la categoría.
La humildad de Arribas al describir lo que es marcar con el Madrid: ¿qué hará con la camiseta? El orgullo del Ajax plasmado en la manga de la camiseta. Iturralde González: «El gran fraude del partido fue lo del VAR. Ha dicho que era penalti y quién lo cometió, algo que ya sabíamos». La temporada siguiente, que empezó con unos cuatro mil socios, cuando pocos años antes había llegado a los quince mil, volvió a estar marcada por asuntos extradeportivos, con demandas, embargos y un breve encierro de la plantilla en el Estadio de La Condomina. En la temporada 2008-09, un mal comienzo hizo que el equipo estuviese situado en puestos de descenso durante casi toda la primera vuelta. Ni algún refuerzo que hubo en invierno ni el cambio de técnico lograron enderezar la trayectoria del equipo, que finalizó en última posición, a ocho puntos de la salvación. La RFEF instó a acatar el auto del juzgado mientras LaLiga defendió a través de su presidente que el mandato judicial era de imposible cumplimiento y se aplazó el inicio del campeonato liguero en Segunda y en Segunda B, ya que, en el momento en que debía iniciarse el mismo, camiseta ajax aún se encontraba pendiente de resolución judicial.